周知のように、2016年度税制改正において通勤手当の非課税限度額が月額15万円（改正前10万円）に引き上げられ、2016年１月１日以後に支払われるべき通勤手当から適用されている。
このうち、政令施行前の１月１日から３月31日までに支払われるべき通勤手当で、改正後の新規定を適用した場合に過納となる税額については、今年の年末調整の際に精算を行うこととされている。
一方で、政令施行日である４月１日以後に支払われる通勤手当についても、改正前の非課税規定で支払ってしまう場合もあると思われる。このような場合には、年末調整による精算で処理するのではなく、旧規定による源泉徴収を行った後速やかに誤納還付請求を行うことで、新規定を適用した場合の差額の還付を受けることができるようだ。
新規定との差額精算については、時期によって適用関係が異なるため、支払った通勤手当がどの期間に対応するものなのかを確認する必要がある。例えば、2015年12月31日までに支払われるべき通勤手当で、2016年１月１日以後に支払われるものは、旧規定の適用となる。また、2016年１月１日から３月31日までに支払われるべき通勤手当で、３月31日までに支払われるものは新規定となるが、旧規定適用の場合は年末調整での処理となる。
さらに、2016年４月１日以後に支払われるものは新規定が適用されるが、旧規定適用の場合は、還付請求を行うことで処理することになる。
