国税庁はこのほど、今般の熊本地震による被害者を支援するため、熊本県下や大分県下の災害対策本部等に義援金や寄附金を支払った場合の税務上の取扱いや、募金団体に対して支払う義援金が国等に対する寄附金（特定寄附金）として取り扱われるための確認手続き等について、照会の多い事例を、「義援金に関する税務上の取扱いＦＡＱ」として取りまとめ公表した。
事例はＱ＆Ａ形式で全13項目。「寄付をした個人・法人の課税関係」と「義援金等を募集する募金団体の確認手続き」、「その他」に分かれ、すぐに使える情報がシンプルに分かりやすく整理されている。例えば、法人が、熊本県下や大分県下の災害対策本部へ支払った義援金は、「国等に対する寄附金」に該当し、その全額が損金に算入される。同様に、個人が支払った義援金は、「特定寄附金」に該当し、寄附金控除の対象となる。
個人が義援金を寄附した場合は、寄附金控除の対象になるが、その額は「（その年中に支出した特定寄附金の額の合計額）－２千円」という算式によって計算する。
また、個人が、認定ＮＰＯ法人や一定の要件を満たす公益社団法人・公益財団法人に対する寄附をした場合には、上記の寄附金控除に代えて、寄附金特別控除（税額控除）の適用が受けられる。その計算式は、「（その年中に支出した寄附金の合計額－２千円）×40％」となる。
